Типовая общая структура АСНИ включает в себя три уровня организации. Выбор подобной структуры диктуется главным образом общей (единой) схемой проведения исследований, специфическими требованиям при проведении отдельных этапов исследований.
Различные элементы исследования требуют и различной технической базы в рамках АСНИ. Например разработка теоретических вопросов часто сопровождается проведением громоздких расчетов, моделированием, поиском научной информации с помощью информационно-поисковой службы, что требует значительной мощности и объема памяти ЭВМ. С другой стороны обращение к этим ресурсам АСНИ производится относительно редко и необязательно с высокой оперативностью. Вместе с этим, операции, связанные с проведением автоматизированного эксперимента, всегда осуществляются в масштабе реального времени и нет необходимости в значительных вычислительных мощностях. Для реализации в рамках АСНИ самых разных, в том числе и самых трудоемких элементов исследований при разумных затратах на создание АСНИ, современные автоматизированные системы строятся по многоуровневому принципу. Наиболее целесообразна структура содержащая три уровня: объектовый, инструментальный и сервисный (базовый).
Объектный уровень характеризуется связью с объектом исследований. Его назначение состоит в организации процесса экспериментирования, т.е. реализацией управления экспериментальной установкой, регистрацией данных, их оперативной обработки, накопления и представления первичных результатов исследователю, в том числе и оказание ему помощи в интерпретации результатов эксперимента и принятии решения о дальнейшем проведении исследований. На объектный уровень также возлагают операции, связанные с проверкой и тестированием экспериментального оборудования, текущей регистрации и документирования данных.
Инструментальный уровень предназначен для проведения достаточно сложных видов обработки экспериментальных данных, научных расчетов и моделирования, если они не требуют слишком больших мощностей вычислительного оборудования. Здесь осуществляется накопление и длительное хранение информации, полученной в результате исследований, формируются архивы и банки данных по отдельным проблемам исследований. На инструментальном уровне осуществляется отработка различных алгоритмов и программ, составленных пользователем, в том числе и программ, используемых на объектном уровне.
Базовый (или сервисный) уровень используется для осуществления наиболее сложных и громоздких научных расчетов, моделирования, обработки и представления информации, формирования крупных банков и баз данных, создания информационно-поисковой системы.
Трехуровневая организация современных АСНИ позволяет, с одной стороны, представить исследователю необходимые средства вычислительной техники и автоматизации на всех этапах исследования, а с другой сократить затраты на создание системы, уменьшить количество ЭВМ, периферийного оборудования и т.д.
Необходимо подчеркнуть, что для АСНИ наиболее важным является объектный уровень, т.к. именно на этом уровне фигурирует исследователь, роль которого является ключевой. Именно на объектном уровне, в первую очередь, регистрируется новая информация об изучаемом явлении или объекте. Поэтому АСНИ, являясь многоуровневыми системами, не относятся к категории иерархических систем. Формально верхние этажи этой организации - инструментальный и базовый - являются вспомогательными, оказывающими дополнительные услуги при извлечении полезной информации, разработке и проверке теоретических положений на основе экспериментальных данных.