Першими національними закладами вищого типу стали Острозька школа-академія і Києво-Могилянська академія.
Острозька слов'яно-греко-латинська академія (або «тримовний ліцей») була відкрита 1576 р. князем Костянтином Острозьким (1527-1608) і вирізнялася високим рівнем викладання.
В ній вивчали слов'янську, грецьку й латинську мови й так звані «вільні науки» (граматику, арифметику, риторику, логіку та ін.), музику та хоровий спів. Тут працювали відомі науковці: Кирило Лукаріс, Феофан Грек, письменник та громадський діяч Герасим Смотрицький, польський математик і філософ Ян Лятос, українські публіцисти та філологи Василь Суразький, Тимофій Михайлович, Іов Княгеницький, Дем'ян Наливайко та інші. Всі вони брали участь у діяльності наукового гуртка при академії, писали наукові праці, підручники, готували навчальні посібники тощо.
Києво-Могилянська академія, створена 1632 р. на Подолі внаслідок злиття Київської Братської та Лаврської шкіл, зібрала найбільшу кількість освічених, найкращих на той час діячів науки та культури: це і Петро Могила (опікун академії), Інокентій Гізель, Іоаникій Галятовський, Єпіфаній Славинецький, Симеон Полоцький, Лазар Баранович та інші. Усі вони зробили певний внесок у розвиток педагогічної думки, розглядали загальні питання виховання і навчання молоді, розробляли методичні рекомендації. Одні з них присвячували окремі праці проблемам освіти, створювали підручники та навчальні посібники, інші - порушували освітні питання в полемічних працях, виступах, промовах. У заснуванні Києво-Могилянської академії почесне місце належить Єлизаветі Гулевичівні, дружині київського воєводи, поборниці українського освітництва, яка подарувала свою садибу із землями для створення цього культурно-освітнього комплексу.
Курс навчання в академії тривав 12 років і поділявся на 8 класів: фару (підготовчий клас), інфиму (молодший клас), граматику, синтаксиму і вищі - поетику, риторику, філософію й богослов'я. Студенти набували філологічної підготовки, обов'язковим було знання мов: слов'янської, української літературної, церковнослов'янської, грецької, латинської, польської, оволодівали поетичним і риторичним мистецтвом, вивчали класичну грецьку та римську й частково середньовічну літератури, історію, географію, філософію й богослов'я. З часом було введено курс російської, французької, німецької та староєврейської мов, чисту й мішану математику (тригонометрію, фізику, астрономію, архітектуру), а в останні роки існування академії - класи домашньої й сільської економіки й медицини. Значне місце відводилося художній і музичній освіті. Києво-Могилянська академія була визначним науковим осередком, де формувався один з центрів філософської думки слов'янського світу загалом, відбувалося становлення української літературної мови, склалася літературна й поетична школа. Щороку в академії навчалося від 500 до 2000 студентів, вікових обмежень не було. У 1817 р. академію закрили, й замість неї в тому ж році було створено Київську духовну семінарію, перейменовану у 1819 р. в Духовну академію, яка припинила своє існування у 1918 р. У 1992 р. академію було відроджено як Національний університет «Києво-Могилянська академія».