У середньовічній науці домінувала схоластика (грец. schole - школа) як тип філософії мислення, що полягав у застосуванні формальної логіки для обґрунтування релігії, її виявом у навчанні було переважно вивчення формально-логічних доведень певних релігійних положень. Розвиваючи витонченість форми, схоластичне навчання водночас подавляло самостійність мислення.
Не ставлячи за мету відкрити щось нове, схоластика систематизувала існуючий зміст християнської віри, сприяла розвитку абстрактного мислення, привчала до уважності та методичності, врешті-решт прийшла до вивчення античної спадщини. Намагаючись знайти штучний камінь мудрості, фантастичний еліксир життя, вона не розвивала інтересу до дійсного світу, природничих наук.
Учені, невдоволені ігноруванням церковною школою нових знань, у XII ст. почали об'єднуватись у позацерковні спілки, стали ініціаторами створення вищих спеціальних шкіл - університетів (universitas - сукупність, об'єднання) - співтовариств тих, хто вчить і хто вчиться, відкритих для всіх бажаючих. Перші університети було відкрито в Болоньї (1158), Оксфорді (1168), Кембриджі (1209), Парижі (1253), Празі (1348) та інших містах Європи. Система управління університетами, що користувалися певною автономією щодо церкви, міських магістратів, мала елементи демократизму: виборність керівних посад (ректор, рада студентів), самоврядування.
До кінця XII ст. в університетах було, як правило, чотири факультети, очолювані деканами: підготовчий (мистецький), де вивчали протягом 5-7 років «сім вільних мистецтв»; юридичний; медичний і богословський (термін навчання 5-6 років). Особи, які закінчували підготовчий факультет (за змістом і завданнями нагадував середню школу, або сучасний коледж), діставали ступінь «магістра мистецтв» і могли вступати на інші факультети. Після закінчення повного курсу навчання в університеті (11-13 років) одержували вище звання «доктора наук».
Основними видами занять в університеті були лекції (читання якоїсь канонічної книги і коментарів до неї) і диспути (суперечки з приводу певних тез, які треба було довести або спростувати за допомогою логічно формального уміння сперечатись чи хитрощів). Студенти виконували багато вправ і писали письмові роботи - трактати. Мова викладання була універсальною - латина, що сприяло зосередженню слухачів з різних країн, уможливлювало їх перехід з одного університету в інший з метою розширення знань. У XII ст. склався тип мандруючого студента - ваганта.
Середньовічні університети користувалися великим авторитетом, відповідаючи назрілим потребам життя, сприяли розвиткові міст, певною мірою підготували культурний поступ епохи Відродження.
Найбільш відомими вченими-схоластами, які намагалися теоретично обґрунтувати істинність релігійних догм, були Фома Аквінський та П'єр Абеляр.
Фома Аквінський (1225-1274) - середньовічний філософ і теолог. Створив універсальну філософсько-теологічну систему - томізм - вчення, яке і нині (неотомізм) визнає Ватикан своєю офіційною філософією. Педагогічна система томізму, за Аквінським, ґрунтується на психологічному вченні про нематеріальну безсмертну душу (впроваджену Богом в людське тіло, яка є щодо тіла рушійною силою) та етичному вченні, згідно з яким метою життя є досконалість, що досягається поведінкою відповідно до суспільних законів. Наголошував, що вся система виховання будується як виконання цього завдання. Томізм розрізняє виховання: формальне (вдосконалення людини для виконання нею свого життєвого призначення) і матеріальне (розвиток особистості відповідно до її індивідуальних особливостей і здібностей).
П'єр Абеляр (1079-1142) - середньовічний філософ, теолог (богослов), університетський викладач, автор філософського вчення концептуалізму, вирішував питання обґрунтування віри (необхідно не сліпо вірити, а розуміти те, в що віриш).